La religion dans les limites de la simple raison (publiée par Kant en 1793) n'est précisément pas la religion telle qu'elle peut être "déduite" par la raison, c'est-à-dire telle que la raison peut la comprendre sans recours à l'expérience. Le projet de Kant consiste plutôt à évaluer ce qui, dans les religions concrètes (surtout le christianisme), peut être accepté et accueilli par la raison, et plus particulièrement par ce qu'il appelle la "raison pratique", celle qui indique notre devoir et fonde la morale.

C'est pourquoi ce livre s'ouvre par une analyse du "mal radical" qui exprime le penchant propre à l'humanité de désobéir à la loi morale en suivant son désir égoïste. Ce mal est enraciné dans la liberté, ce pourquoi on ne peut le connaître par ses causes (il est le résultat d'un choix libre). Mais il se trouve que la religion chrétienne fait de ce mal (sous la forme du "péché originel") et de la manière d'y échapper son thème central. Selon Kant, la religion couvre la problématique de l'espérance, elle fournit des symboles (comme par exemple la lutte du Christ contre le mauvais principe) qui nous invitent à agir en dépit du mal.

Les deuxième et troisième parties sont consacrées à l'évaluation rationnelle de cette lutte : qu'est-ce qui nous permet d'espérer en la supériorité du bien? Quelle est la portée des institutions religieuses nous garantissant de la possibilité de résister au mal ? Dans tous les cas, Kant insiste sur le fait que nous ne pouvons rien connaître de Dieu, mais que nous devons seulement espérer en son existence. D'où la définition de la religion qui ouvre la Quatrième partie : elle est l'ensemble des devoirs "considérés comme commandements divins". Avoir de la religion, c'est donc considérer que ce que la raison nous prescrit (la loi morale) est aussi voulu par Dieu qui nous sera donc secourable dans la réalisation du bien. C'est sur ce principe unique (dont on voit qu'il est un postulat plus qu'une connaissance) que Kant fondera sa critique des religions établies.

Dans un premier temps (chapitre premier : "La religion chrétienne comme religion naturelle"), il s'attache à montrer que le christianisme remplit les exigences de la raison en prescrivant avant tout une vie bonne au service des autres. Par la, Kant veut réduire autant qu'il est possible les aspects du christianisme qui en font une "religion savante", c'est-à-dire accessible seulement aux érudits et aux théologiens. Dans sa vérité première (la moralité incarnée par le Christ), cette religion est naturelle à l'homme, elle n'est pas révélée de manière surnaturelle.

La deuxième section ("Du faux culte de Dieu dans une religion statutaire") constitue le versant proprement critique de ce texte. Kant s'oppose à toutes les formes de faux-culte (cléricalisme, fétichisme, folie religieuse) qui ne respectent pas le principe moral de la religion. Toutes ces formes se caractérisent par l'idée que Dieu peut être connu soit par la raison, soit par la sensibilité (mysticisme) et que ceux qui le connaissent doivent s'imposer comme des maîtres au peuple des ignorants. Il y a la, de la part de Kant, une critique de la confusion entre religion et politique : puisque la religion n'est jamais un savoir, mais seulement une espérance, elle ne fonde aucun pouvoir sur les hommes qui doivent demeurer libres d'examiner tout ce qu'on leur demande de croire.

Ce critère moral de la liberté fonde toutes les analyses kantiennes de la religion. Il est comme le rempart aux diverses formes d'intégrisme qui prétendent imposer aux sujets des dogmes et des pratiques qu'ils ne comprennent pas. Ce texte s'achève ainsi sur une critique des "moyens de grâce" qui sont les procédés (fréquentation de l'église, communion, etc.) par lesquels les fidèles tentent de se rendre agréables à Dieu. Il n'existe, selon Kant, qu'une seule manière de plaire à Dieu, c'est de se comporter moralement en respectant la liberté d'autrui.