L'identité biologique de chacun, le « soi », est liée à des molécules présentes à la surface des cellules nucléées nommées molécules HLA (Human Leucocyte Antigen) ou CMH (complexe majeur d'histocompatibilité).
On en distingue 2 types : les molécules du CMH1, présentes à la surface de presque toutes nos cellules nucléées, et celles du CMH2 qui ne sont présentes que sur les cellules immunitaires présentatrices d’antigènes. Les globules rouges possèdent à leur surface des agglutinogènes de type A et/ou B qui sont également des marqueurs de surface.
Les molécules CMH ou HLA sont capables d'induire une réponse immunitaire si elles sont introduites dans un organisme étranger et sont qualifiées d'épitopes ou d'antigènes du soi.
Les cellules qui possèdent un CMH différent ou des épitopes reconnus comme étrangers appartiennent au « non soi » et sont éliminées par le système immunitaire. Il peut s'agir d'éléments effectivement dangereux pour l'organisme mais c'est malheureusement aussi le cas de tissus ou d'organes greffés.