En France, plusieurs services sont responsables de l'organisation et de la réalisation de contrôles pour assurer la qualité sanitaire de la chaîne alimentaire :

Santé publique France surveille, prévient et informe sur les risques sanitaires. Elle transmet l'alerte sanitaire aux administrations centrales concernées selon leur domaine de compétences ;

la Direction générale de l'alimentation (DGAL) vérifie la qualité et la sécurité des aliments à tous les maillons de la chaîne alimentaire ;

la Direction générale de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes (DGCCRF) exerce une mission de protection des consommateurs et de surveillance de l'ensemble de la sécurité et de la loyauté des produits ;

les autorités nationales transmettent ensuite les instructions aux directions départementales chargées de la protection des populations (DDPP ou DDCSPP).

Au niveau européen, pour limiter les risques de contamination par la nourriture consommée, le gouvernement réglemente la mise en circulation des produits et met en place certaines politiques afin de garantir la propreté de consommation des aliments. Le « Paquet hygiène » est un ensemble de règlements européens directement applicables dans tous les États membres. Il s'applique à l'ensemble de la filière agroalimentaire depuis la production primaire, animale et végétale jusqu'à la distribution au consommateur final, en passant par l'industrie agroalimentaire, les métiers de bouche et le transport.

Lorsqu'un produit présente un risque mais que les preuves scientifiques ne sont pas suffisantes pour qu'il soit avéré, on applique le principe de précaution c'est-à-dire qu'on suspend la mise sur le marché de l'aliment concerné.