Le microbiote intestinal (ou flore intestinale) est l'ensemble des micro-organismes non pathogènes (bactéries, virus et champignons microscopiques) qui vivent dans le tube digestif, principalement l'intestin grêle et le côlon. Il exerce de nombreuses fonctions physiologiques, notamment digestives, dont les principales sont :
la fermentation des résidus alimentaires non digestibles, produisant des gaz et surtout des acides gras assurant la nutrition des entérocytes ;
la synthèse de certaines vitamines (K et groupe B) ;
l'absorption des nutriments (glucides, lipides, sels minéraux…) ;
la stimulation de la motricité du tube digestif.
Remarque
Le tube digestif abrite 10 fois plus de micro-organismes que de cellules constituant notre corps, avec une densité maximale au niveau du côlon. Ce microbiote, unique pour chaque individu, exerce également une protection vis-à-vis des germes pathogènes par un « effet barrière », et assure le développement et le fonctionnement de l'immunité intestinale mais aussi générale.